В октябре 2018 года в Фонде содействия бюджетному сектору прошли плановые проверки сразу двух надзорных ведомств.
Целью проверки Управления Министерства юстиции России по Пермскому краю было определение соответствия деятельности некоммерческой организации целям, ради которых она создана. Для проверки были запрошены практические все документы о работе фонда за последние три года. В результате было установлено соответствие деятельности фонда его целям. В акте проверки были отражены в том числе отдельные задачи, связанные с взаимодействием с государственными органами и участием в нормотворческой работе, которые решались фондом в проверяемом периоде.
Министерство образования и науки Пермского края проверяло фонд как организацию, осуществляющую обучение, на предмет соответствия лицензионным требованиям. Это была первая проверка фонда в этой области после получения лицензии на образовательную деятельность. Инспектором были проверены локальные акты Обучающего центра фонда, документы по обучению каждой учебной группы, помещение, в котором ведутся лекции. Проверкой не было выявлено ни одного нарушения лицензионных требований.
Следующие плановые проверки и Минюста, и Минобра могут быть проведены в фонде только через несколько лет.